Eu descobri em minha experiência que ler o NTFS do linux nunca é um problema, mas escrever para o NTFS do linux corrompeu várias unidades na prática. O FAT32 é geralmente o mais fácil (quase todos os sistemas operacionais o suportam sem nenhum driver / software extra), mas se você precisar de suporte a arquivos grandes, o exFAT é o caminho a seguir para mim.