Eu queria apenas deixar um comentário, mas parece que não tenho permissões, por isso estou usando a janela de resposta.
Eu não tenho uma resposta completa, mas estou vendo sintomas semelhantes em uma nova instalação de 12.10. Por enquanto, tudo o que posso oferecer é uma solução: quando você vê apenas o plano de fundo da área de trabalho, pode pressionar CTRL + ALT + T, o que abre uma janela de terminal. Lá, você pode instalar, e. um gerenciador de janelas muito simples, que você pode usar como um substituto da unidade.
sudo apt-get install fluxbox
Então você pode matar o processo gnome-session, que efetivamente matará toda a sua sessão X.
pkill gnome-session
Você voltará à tela de login. Na janela de login, clique no ícone do Ubuntu na janela de login e selecione Fluxbox. Isso permitirá, pelo menos, mover janelas e ter um ambiente no qual você possa depurar o problema original.
Desculpe, mas não posso ajudar com o problema original agora.