Você terá que gerar uma chave usando o PuTTYgen, porque o PuTTY usa um formato de chave diferente.
Você também pode converter uma chave de formato existente do OpenSSH. Veja aqui .
Eu sugiro fazer a primeira abordagem. Você deve nunca ter que mover chaves privadas, a menos que você esteja fazendo backups, na minha opinião.