Parece que você fez alguns erros ao adicionar o repositório do gnomebaker. Remova-o e o apt voltará a funcionar.
sudo rm /etc/apt/sources.list.d/gnomebaker*
m@samsung:~$ sudo rm /var/lib/apt/lists/* -vf [sudo] password for m: rm: cannot remove '/var/lib/apt/lists/partial': Is a directory m@samsung:~$ sudo apt-get update N: Ignoring file 'gnomebaker.lis' in directory '/etc/apt/sources.list.d/' as it has an invalid filename extension E: Malformed line 1 in source list /etc/apt/sources.list.d/gnomebaker.list (URI parse) E: The list of sources could not be read. m@samsung:~$
Parece que você fez alguns erros ao adicionar o repositório do gnomebaker. Remova-o e o apt voltará a funcionar.
sudo rm /etc/apt/sources.list.d/gnomebaker*