Tem o mesmo problema com 12.10, tentei arrastar o diretório que queria marcar e não funcionou, até que li a ajuda e descobri que para adicionar uma pasta como marca de livro, tudo o que você precisava fazer era abrir a pasta / diretório e clique no menu de favoritos e adicione um marcador.
Ctrl+D
É a tecla de atalho para executar a mesma tarefa.