Eu tive um problema semelhante antes. Tudo no arquivo de configuração está correto. O arquivo php.ini que eu editei também era o correto, mas não importava o que eu fizesse, simplesmente não funcionaria. (Mas verifique se você está editando o arquivo correto, já que você tem vários .ini no seu sistema, e o Joomla pode estar usando um especial ou possui suas próprias configurações que sobrescrevem a configuração principal.)
Descobrimos que havia esse patch suhosin do PHP que estava impedindo que essas mudanças entrassem em vigor no arquivo de configuração. É por "razões de segurança". Você pode desabilitar isso em algum lugar, mas não consigo me lembrar de como fazer isso agora. Talvez você possa pesquisar no Google.
Ah, a propósito, meu problema foi que em uma dessas páginas de upload que eu fiz, não consegui fazer upload de mais do que X número de imagens / arquivos de uma só vez.