Acabei de encontrar uma resposta neste tópico:
clique duplo não abre o programa padrão
(Eu deveria ter mencionado que na verdade eu quis dizer clique duplo, não clique esquerdo. Eu esqueci que o duplo clique é padrão no Nautilus e eu apenas mudei para o botão esquerdo do mouse em minhas propriedades. De qualquer forma, o problema ocorreu em qualquer caso.)