Desmarque a permissão de execução das propriedades do arquivo .tex, a janela de conversa mencionada não será exibida novamente.
Você também pode alterar esse comportamento globalmente, abrindo o nautilus (gerenciador de arquivos) e indo para o menu EDITAR > PREFERÊNCIAS > COMPORTAMENTO e sob a opção de verificação "Ficheiros de Texto Executáveis" "ver ficheiros de texto executáveis quando estes são abertos".