O VMware Fusion 3.1.x é antigo. As notas de lançamento dizem que ele suporta apenas o Ubuntu 10.04 LTS. Eu não acho que o 12.10 é bem suportado de qualquer maneira, especialmente quando você executa o Unity.
Tente fazer o ssh no seu convidado e instale as ferramentas do VMware nele. Além disso, tente instalar um DM / WM diferente como xfce4, lxde, fluxbox / openbox ou awesome e veja se funciona melhor.