Eu não sei o que o Doom 64 Ex está fazendo, mas um problema geral com os gamepads do Xbox360 e do Windows é que há duas APIs para entrada no Windows, no Xinput e no DirectInput. O Wine apenas emula a API mais antiga e não manipula o Xinput. No entanto, alguns jogos modernos exigem Xinput.
Há uma solução alternativa por meio de uma DLL de emulação do controlador Xbox360 (a mesma que você usaria para fazer um antigo controle de gamepad pré-Xinput com jogos modernos no Windows). Este tópico descreve: