Você obtém isso porque o Wubi depende do gerenciador de boot do Windows para adicionar sua entrada de inicialização e, como você não tem o Windows instalado (na sua unidade externa), você não possui o BOOTMGR.
O que você pode fazer é formatar o drive externo e instalar o Ubuntu nele, particioná-lo no ext4 e criar um Ubuntu LiveCD ou LiveUSB e pronto.