Inicialize com o USB, abra uma janela de terminal e execute
sudo grub-install /dev/sda && sudo update-grub
Parece que o Ubuntu Studio tem um bug que instala o GRUB na chave USB e não no disco rígido. O comando instala o GRUB no MBR do disco rígido, tornando-o inicializável.
Desculpas pela duplicação de Ubuntu 12.04 inicializa apenas quando a unidade USB está conectada , só a encontrou depois.