Você precisa usar o xsetwacom para mapear a caneta para uma região específica da sua área de trabalho grande. Se você usa o xorg.conf, você pode mapear automaticamente o tablet no login usando topx, topy, bottomx e bottomy; ou você pode fazer um script de inicialização para ser executado no login. A man page do linuxwacom contém informações sobre como calcular os números que você precisará para topx, topy, bottomx e bottomy.