Como a maioria dos programas é baseada na biblioteca GTK + ou Qt, apenas um deles funcionará de forma eficiente, dependendo de sua área de trabalho ser baseada em GTK + ou Qt. O motivo da carga extra é a sobrecarga envolvida no carregamento das outras bibliotecas que não são nativas. No seu caso, o Firefox é o GTK + que abre rapidamente, já que o Ubuntu também é baseado em GTK, enquanto o Skype é baseado em Qt, que funcionará melhor em um desktop baseado em KDE como o Kubuntu, e não o Ubuntu. % bl0ck_qu0te%
Pelo que entendi da sua pergunta, você está tentando instalar novos pacotes do Ubuntu Software Center. Pessoalmente, eu nunca gostei do clunkiness deste aplicativo, e eu uso o gerenciador de pacotes Synaptics, que dá mais controle sobre quais pacotes estão instalados e é transparente sobre as dependências, repositórios, etc., o que não é o caso com o Centro de Software. . Até mesmo executar um "sudo apt-get install" é melhor que isso.