você tem janelas neste computador ou apenas você tem o Ubuntu? alguns vírus do Windows geram arquivos .exe com nome de pastas em um diretório. Por isso, é um truque fazer com que os usuários cliquem duas vezes sobre eles. tenha certeza que seus arquivos reais estão seguros. então terminal aberto (tipo terminal no traço) e siga estes comandos:
sudo su -
e digite sua senha, então
cd /home/<your account name>/<directory of your files>/
altere a permisão de todos os arquivos e pastas nesse diretório com este comando:
chmod 777 -R .
você também pode ver este tamanho de arquivo com o seguinte comando:
du -hs .
se estiver OK (se mostrar o tamanho correto). em seguida, remova .exe do final do nome do arquivo clicando com o botão direito do mouse e renomeie-o. Eu acho que isso vai resolver esse problema.