Não tenho certeza se isso resolverá todos os seus problemas, mas você já considerou o uso do gerenciador de inicialização Plop. Ele permite inicializar a partir de qualquer dispositivo, mesmo sem suporte da BIOS. link
Eu tenho um disco rígido externo Seagate FA GoFlex Desk - 2000. Eu uso-o com um desktop Dell Dimension C521. O HDD interno de 160 GB é dedicado à execução do sistema operacional Windows Vista Home Premium (32 bits). O BIOS do PC pode arrancar o USB. A unidade GoFlex tem o programa de backup instantâneo Seagates pré-instalado etc. Eu usei o volume encolhido para reduzir a partição única a metade do tamanho para instalar as distribuições Linux no espaço restante. Até este ponto, a unidade foi reconhecida como inicializável pelo BIOS.
Eu desejei primeiro instalar o openSUSE 12.2 com o Grub 2 como gerenciador de inicialização. O plano era configurar a seqüência de inicialização do BIOS para DVD interno, HDD externo e último disco rígido interno. Dessa forma, se a unidade externa não estiver conectada ou ligada, o sistema será inicializado no Windows e, se o disco externo estiver conectado, o gerenciador de inicialização será acionado. Isso funcionou com versões anteriores da instalação com o Legacy Grub.
Eu optei por instalar o Grub 2 na partição / boot, que é uma partição primária (a segunda na unidade externa). A instalação parece ter ido OK e esta partição aparece com o sinalizador inicializável no GParted. "MAS" o disco externo não é mais inicializável! O BIOS não reconhece sua presença nem o programa bootrec do Windows Vista quando tentei reparar o MBR possivelmente danificado. A primeira partição primária contendo o software proprietário da Seagate está disponível para o sistema operacional Windows. Gparted pode ver todas as partições. Só eu não consigo arrancar a unidade!