Bem, eu não havia lido a documentação o suficiente. Na lista de recursos do fluxbox , na primeira entrada:
"Um dos mais subestimados - embora um dos recursos mais poderosos - é o arquivo de aplicativos. Com este arquivo é possível definir parâmetros específicos de aplicação para dimensão, decoração, espaço de trabalho padrão para abrir, stickyness e muito mais. Ele permitirá que você manipule quase todas as configurações para qualquer janela ou aplicativo. A melhor maneira de aprender sobre isso é visitar o wiki-site para o arquivo de aplicativos. "
Permite configurar especificamente a interface, com base na aplicação. Parece que faz exatamente o que eu queria. Eu vou tentar isso.