Você pode usar o gravador de som gnome padrão do Ubuntu ou o Audacity para fazer isso. Você só precisa ajustar o PulseAudio para buscar o som diretamente da placa de som.
Aqui está como (em alemão): link
Eu tentei instalar o Outrec em 12.10, seguindo qualquer uma das instruções disponíveis online. Infelizmente, as dependências são interrompidas e o OutRec não é instalado a partir das fontes.
Existe alguma alternativa para gravar todos os sons vindos do Ubuntu (como streamcasts não padrão ou chamadas do skype)?