Dependendo de suas configurações, suas configurações do PHP devem estar em /etc/php5/* .
Eu não sei onde o phpmyadmin armazena seus dados no sistema.
Eu também não sei onde estão os arquivos do seu site. mas suas configurações do Apache devem estar em /etc/httpd/* ou /etc/apache2/* , em que * é um curinga que significa tudo dentro dessa pasta.
Essas pastas contêm os arquivos para suas configurações e devem ser salvas. Além disso, todos os dados relevantes do usuário devem ser salvos também ( /home/user/* , por exemplo, onde user é seu nome de usuário.)