usando xmodmap como você fez acima funcionou para mim. Minha suposição é que Alt_R pode ser atribuído à função de minimizar janelas em algum lugar e que o sistema não encaminhe as teclas para o Terminal depois disso. Você já verificou os atalhos do sistema ou talvez no compiz? Não tenho certeza se existe um módulo compiz para minimizar as janelas através de um atalho.