Qual versão do ubuntu você está usando? Para 12.10, sei que os dispositivos (por exemplo, pendrives, modems) são montados por padrão quando inseridos quando o computador já está ligado. Mas para um dispositivo como um disco rígido (ou partição), ele não é montado quando você inicia o computador. Você tem que fazer isso manualmente. Eu vejo isso como um recurso de segurança no Linux para evitar a montagem indesejada de dispositivos.