Você verificou o arquivo de configuração do Apache que define hosts virtuais? Eu tenho certeza que é normalmente acessado em /etc/apache2/sites-enabled/000-default
(eu digo bastante certeza, porque isso normalmente é um link para ../sites-available/default
, e às vezes as pessoas mudam um pouco esses arquivos).
Se você achar que esse é o culpado, desabilitar as linhas individuais, uma de cada vez, deve restringi-las a algo tangível.
Em seguida, eu procuraria uma entrada para o phpmyadmin, possivelmente para uma entrada "VirtualHost" para ela com uma entrada de diretório para o domínio. Normalmente, o phpmyadmin não está neste arquivo, no entanto.
Eu não acho que exista algo sobre o próprio phpmyadmin que cause isso. Outros subdiretórios do seu domínio funcionam corretamente a partir de um URL direto?