Você pode começar removendo ubuntu-desktop .
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sudo apt-get purge ubuntu-desktop
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sudo apt-get autoremove removerá o resto
Se você tiver outro Desktop, remova-o também. se você reiniciar depois disso, você não deve ter nenhuma GUI para logar. Se você limpar um programa em vez de apenas removê-lo, também removerá quaisquer arquivos de configuração que possam permanecer.
Como Rinzwind sugere tentar sudo apt-get remove gnome-* .
Antes do Ubuntu 16.04 ele também fornece um pacote especial do kernel para instalações do servidor, linux-image-server :
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sudo apt-get install linux-image-server e reinicialize.
Sugiro que você instale os aplicativos de servidor desejados, como ssh-server .
Mas como sempre, é melhor fazer uma instalação limpa. Dá menos risco de erros e pacotes quebrados.