Você está usando o Google Chrome? Então você está usando a implementação do Flash do Google chamada Pepper. Pepper tem um bug em que os vídeos em flash não podem ser exibidos em tela cheia. O Chrome não reproduz corretamente o vídeo em Flash na tela inteira Vá para: plugins no cromo omnibar. Em seguida, no lado direito, clique em Detalhes e desabilite o plugin Flash PPAPI e use o plugin Mozilla. Espero que seja corrigido em uma próxima versão do Chrome. EDIT: isso parece ser corrigido no Google Chrome v21.