Você estava executando o dnsmasq nomeado ou independente do BIND (do pacote dnsmasq)? No Ubuntu 12.04, esses servidores de nomes entraram em conflito com a instância dnsmasq controlada pelo NetworkManager: se um já tivesse sido iniciado, o outro não poderia ser iniciado.
No Ubuntu 12.10 eles não estão mais em conflito.