Depois de criar a partir da origem, a sua versão v3.8.4.3 está agora instalada em /usr/local/lib .
Você precisa substituir /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libsqlite3.so.0.8.6 (ou /usr/lib/i386-linux-gnu/libsqlite3.so.0.8.6 do arco i386) pelo /usr/local/lib :
sudo cp /usr/local/lib/libsqlite3.so.0.8.6 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libsqlite3.so.0.8.6