O instalador do Ubuntu 12.04 não detecta o disco rígido extra, mas o CD do instalador do Ubuntu 9.04. Meu sistema (x86) tem dois hdd (1TB cada, independente) 4G RAM. Eu corro o Ubuntu 11.04 no disco rígido (sdb). Tinha 10.10 correndo no outro (sda). Sempre poderia acessar sda e sdb selecionando durante a inicialização. Ambos os sistemas estavam funcionando sem problemas. Formatado sda para mudar partições e instalar o Ubuntu 12.04. Usando um stick USB como instalador - não detectando sda (ele detecta sdb). Instalou com sucesso o Ubuntu 9.04 em sda depois de desistir do Ubuntu 12.04. Novamente ambas as unidades estão funcionando bem. Mas eu ainda quero o Ubuntu 12.04 em sda. O instalador ainda não detecta sda.
O problema parece estar enraizado nas sobras de um emprego anterior do RAID1. O problema foi resolvido com a instalação do instalador alternativo ("Instalação baseada em texto") que pode ser encontrado em a página Lançamentos do Ubuntu .
Quando solicitado a ativar a configuração RAID, selecione "Não" e o instalador deve detectar a unidade afetada.