Para uma maneira simples , você pode criar um arquivo .bash_logout em seu diretório inicial que instrui a transmissão a ser encerrada, por exemplo:
transmission -q
ou
transmission --quit
Se o sistema não executar o .bash_logout , adicione-o a /etc/gdm/PostSession/Default
para que ele execute o script de logout corretamente.
Outra maneira é adicionar seu comando ao arquivo /etc/gdm/PostSession/Default
antes da linha exit 0
.