Isso é muito ruim, eu acho que você deveria usar um CD ao vivo e fazer backup dos seus dados primeiro, pois ele contém todo o seu trabalho, o Ubuntu instala com o Wubi causando problemas às vezes, eu acho que será melhor para você fazer uma nova instalação e também receba uma unidade seprate para seu / home, de modo que, devido a qualquer motivo que seu sistema trave, seus dados ainda estarão seguros.
Felicidades, Vinit