Eu trabalho no projeto Shotwell, e isso realmente soa como um bug, e, se possível, gostaríamos de saber como isso acontece para que possamos corrigi-lo para você.
Com base em sua postagem inicial, parece que você está abrindo a imagem diretamente, em vez de importá-la. Infelizmente, eu não estou vendo nenhum comportamento incomum quando eu cortar uma imagem no modo de edição direta - você pode nos dizer mais sobre quais problemas você está encontrando?