Tente usar a última versão do vinho, use clean wineprefix, defina a arquitetura winearch correta (12.04x64 vem com duas versões de vinho) antes que o wineprefix seja criado e, claro, verifique o banco de dados winehq.
Eu só uso wine para 2 coisas, para usar Ares e usar games, quando tinha ubuntu 11.10 de 32 bits estava usando "call of duty 4 modern warfare", para percorrê-lo não tive nenhum problema, mas quando Comecei a usar o Ubuntu 12.04 LTS de 64 bits comecei a gastar algo estranho quando estava tocando, numa missão de nada saem muitas linhas de cores diferentes, pontos de cor vermelha, bolas de cor cinza que são deformadas, você ilumina muitos em a tela quando há fogo ou fumaça, nada disso estava acontecendo comigo mesmo quando tinha o Ubuntu 11.10, a versão do wine é 1.4, o que devo fazer para que eu trabalhasse como antes?
Tente usar a última versão do vinho, use clean wineprefix, defina a arquitetura winearch correta (12.04x64 vem com duas versões de vinho) antes que o wineprefix seja criado e, claro, verifique o banco de dados winehq.