Depois de ter aberto pela primeira vez e fechá-lo, ele não será fechado, mas ainda permanecerá em segundo plano (um ícone aparecerá no painel superior, nesse caso). Então, clique no ícone para voltar ao primeiro plano em vez de abrir o gwget novamente. (Na verdade eu não tenho muita certeza. Eu lembro vagamente)
PS: tente multiget - Um excelente gerenciador de downloads:)