Ao instalar o Windows 7 no disco vazio, ele cria uma pequena partição de inicialização "System Reserved" e uma maior com o Windows 7 propriamente dito.
Você pode instalar o Ubuntu escolhendo instalar seu gerenciador de inicialização (GRUB2) em sua partição ao invés do MBR. Por isso, não irá destruir o arranque do Windows (e MBR).
Mais tarde, para adicionar o menu de inicialização do Ubuntu ao Windows, crie um "carregador de setor de inicialização" e use "dd for Windows" para obter uma cópia do registro de inicialização da partição do Ubuntu - consulte aqui, Seção 8 como fazer isso.