Se você mantivesse as mesmas cópias dos arquivos em / usr, seria improvável que funcionasse corretamente e, até certo ponto, frustraria o propósito de instalar um novo sistema operacional. Para o Linux, um "novo sistema operacional" significa essencialmente uma nova versão dos arquivos em / usr, portanto você perderia quaisquer melhorias ou personalizações de fornecedores feitas nesses programas e não teria garantia de que elas seriam compatíveis com os arquivos de configuração armazenados em / etc, arquivos de log em / var, etc.
No entanto, algo semelhante pode ser feito, o que é mais seguro e útil: você pode salvar a lista de todos os pacotes atualmente instalados e depois restaurar a lista depois de instalar o sistema operacional:
Restaurando todos os dados e dependências do dpkg --set- seleções '*'