As pastas sincronizadas devem estar localizadas no mesmo local (diretório) entre todos os computadores onde sua conta do Ubuntu One está ativa.
Por exemplo, se eu colocar a seguinte pasta /home/vincenzo/mydocs/myphdthesis/ no Ubuntu One sync, então em todos os PCs (com o mesmo nome de login), onde eu uso minha conta do Ubuntu One, eu localizo todos os meus arquivos sincronizados no mesmo local, ou seja, /home/vincenzo/mydocs/myphdthesis/ .
Boa sorte.