No momento, estou usando o rsnapshot para fazer backup dos meus sites. Isso torna super fácil fazer backups incrementais e armazena apenas uma nova cópia de um arquivo quando ele é alterado. Ele não faz alterações delta, portanto, mesmo que um arquivo só mude em 1 byte, ele armazenará uma cópia completamente nova do arquivo. Caso contrário, ele usa links físicos para economizar espaço em disco. A cópia é feita usando o rsync, o que significa que você também pode fazer backup de sites remotos facilmente!
A beleza deste sistema é que é super fácil de restaurar a partir de backups ... basta usar a função regular 'cp -r' antiga.
Funciona muito bem para nós - hospedamos um grande número de sites Joomla, onde os arquivos principais quase nunca mudam. Temos nosso repositório de backup principal em um volume do Amazon EBS, que se espelha no nosso servidor de escritório todas as noites.
Ele usa um número justo se inodes embora (já que tudo é um link) então você provavelmente vai querer ficar de olho nisso (use 'df -i' para ver o uso de inodes) ou reformate uma partição. E não há criptografia para os arquivos de backup. Ele faz seus backups remotos por meio do ssh, mas isso é criptografado.
Tenho certeza de que outros pôsteres também terão boas sugestões!