Minha universidade configurou uma conta para mim em uma máquina virtual que executa o Ubuntu.
Eu consigo me conectar à máquina usando o WinSCP com o endereço SSH do servidor que me foi fornecido.
Agora eu gostaria de instalar softwares de servidor básicos como o Tomcat etc no sistema, mas não sei como instalar o software em uma máquina virtual remota.
Quando comecei, descobri que o ubuntuguide é muito útil. link
Se você não tem acesso root, isso fica muito mais complicado e eu sugiro que você peça ao seu administrador de rede para ajudá-lo.
Certifique-se de usar o guia ubuntu associado à versão, caso o ubuntu esteja instalado. Natty é o mais novo lançamento.