Você precisa usar criptografia. Senha protegendo uma pasta, como você descobriu, é inútil. Dê uma olhada no TrueCrypt - uma ferramenta de criptografia entre plataformas.
Aqui está a história. Eu recentemente mudei para o Ubuntu do Windows usando o instalador Wubi. O problema é que eu tenho uma pasta privada na minha partição do Windows NTFS. Ele está configurado para que nenhuma permissão de listagem seja dada a qualquer outro usuário que não seja o meu. A pasta é protegida por senha no Windows com o FolderGuard. O negócio é que esta pasta é perfeitamente acessivel usando minha instalação do ubuntu que me preocupa. Então a questão é:
Is there any way to password protect a folder inside a NTFS partition in Ubuntu?
Os discos virtuais do Ubuntu estão na mesma partição em que a pasta privada está localizada.
Você precisa usar criptografia. Senha protegendo uma pasta, como você descobriu, é inútil. Dê uma olhada no TrueCrypt - uma ferramenta de criptografia entre plataformas.