Eu tenho uma placa gráfica nVidia 8600 GT e acabei de atualizar para o Ubuntu 12.04. Eu sofri o mesmo problema com o Gnome, bem como com o Unity após a atualização de 11 para 12.
A solução foi mudar a taxa de atualização, foi em 75Hz e baixei para 60Hz. A imagem ficou mais nítida e parou de machucar minha cabeça.