Isso deve funcionar. Se isso não acontecer, por favor arquive um bug. Você pode fazer isso corretamente pressionando alt + f2 e digitando ubuntu-bug unity . Certifique-se de ter atualizado seu sistema antes de fazer isso. Você precisará ter uma conta no Launchpad.net, então se você não tiver uma, crie uma em primeiro lugar.
No entanto, não sei se você está ciente, mas quando você fixou um aplicativo no inicializador, você obtém atalhos de teclado separados para eles. Por exemplo, se o Nautilus for a primeira entrada em seu lançador, você poderá iniciá-lo ou alternar para ele pressionando super + 1. Se você quiser iniciar uma nova instância mesmo se já tiver uma aberta, poderá usar super + shift + 1. Isso funciona para 1-9 e você pode usar o numpad se quiser. Por esta razão, eu sempre coloco meus 4 aplicativos absolutamente mais usados no 1-4, já que posso trocar usando apenas a minha mão esquerda. Para o resto deles, eu uso o numpad.