O melhor programa que vi que pode fazer isso é MiniTube . Ele permite que você pesquise no YouTube sem usar um navegador da Web e também permite assistir a vídeos do YouTube sem ter que usar o Flash. O MiniTube também permite baixar o vídeo que você está assistindo e salvá-lo no diretório de sua preferência.
Você pode instalar o minitube no Ubuntu adicionando o minipube oficial PPA. Faça isso abrindo um Terminal e inserindo os seguintes comandos:
sudo add-apt-repository ppa:ferramroberto/minitube
sudo apt-get update
sudo apt-get install minitube
Outra opção seria o UMPlayer , que é simplesmente um front-end para o mplayer. Entre muitos recursos do umplayer é um campo de pesquisa do YouTube e opções para baixar vídeos. O UMPlayer pode ser baixado e instalado adicionando o Webupd8 Team UMPlayer PPA. Faça isso abrindo um Terminal e inserindo os seguintes comandos:
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/umplayer
sudo apt-get update
sudo apt-get install umplayer
Se você tiver problemas com arquivos de legenda ou se o UMPlayer tiver bugs ou não funcionar, talvez seja necessário atualizar seu mplayer do Mplayer Daily PPA. Faça isso abrindo um Terminal e inserindo os seguintes comandos:
sudo add-apt-repository ppa:motumedia/mplayer-daily
sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade
Espero que um desses programas faça o que você precisa fazer.