O nome e o diretório do arquivo de configuração mudam no Ubuntu 16.04 O novo arquivo e localização aqui:
/etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf
Você pode editar isso usando:
sudo nano /etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf
OR
sudo vi /etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf
Eu encontrei esta solução aqui: