A solução para isso foi recriar a estrutura do caminho exato e os nomes dos quais a entrada do menu ausente estava reclamando e a partir daí é possível excluí-la manualmente com a menulibre.
Como posso remover uma entrada de menu que foi órfã? O comando executável vinculado a ele foi excluído do sistema.
Estou olhando para ele com a menulibre, mas a entrada não aparece. Estou executando o Xubuntu 16.04 com o menu whisker.
A solução para isso foi recriar a estrutura do caminho exato e os nomes dos quais a entrada do menu ausente estava reclamando e a partir daí é possível excluí-la manualmente com a menulibre.