tl: dr: atualize sua instalação do grup no MBR ou no EFI ou certifique-se de que esteja pelo menos na mesma versão que os arquivos do grub em / boot.
Acabou de ter o mesmo problema %código% isso diz a você: sua instalação do grub no mbr ou dentro da EFI está desatualizada e não corresponde aos novos módulos em / boot.
No meu caso, eu tenho um Notebook Acer Aspire V3-372 que se recusou a inicializar qualquer coisa diferente de /boot/efi/EFI/Microsoft/Boot/bootmgfw.efi, não importando o quanto eu alterei as configurações de EFI. Então eu tinha substituído isso manualmente pelo binário /boot/efi/EFI/debian/grubx64.efi. Depois de atualizar de jessie para alongar, tive que copiar o grupo novamente.