Se eu estiver entendendo, você deseja que o script seja aberto, mas não quer ver o terminal. Quando você usa a função run in terminal , a ideia é abrir um terminal e executá-lo lá, assim que você puder ver a saída.
deve ser melhor transformá-lo em um executável com
chmod +x filename.sh
você pode ajustar isso como um script executável sem necessidade de terminal.