De fato, as técnicas para instalar o WinUSB em versões mais antigas do Ubuntu falham no Xenial:
Pergunte ao Ubuntu: Não é possível instalar o WinUSB no Ubuntu 15.10
Pode valer a pena tentar uma compilação bifurcada do WinUSB que é instalada e executada perfeitamente no Xenial Xerus. Para instalar e executar este sem erros você primeiro precisará instalar o gksu
:
sudo apt-get install gksu
Em seguida, instale o WinUSB deste PPA (note que este não é o PPA do desenvolvedor, este é um PPA da equipe do WebUpd8 e carrega vários outros pacotes não relacionados):
sudo add-apt-repository ppa:nilarimogard/webupd8
sudo apt update
sudo apt install winusb
Uma captura de tela do meu sistema Xenial após a instalação bem-sucedida:
Referências: