Há : usado em cada linha, portanto, você pode tratar a linha como várias partes separadas por : e, no seu caso, você deseja o segundo campo em que configure arguments string aparece:
/usr/local/nginx/sbin/nginx -V 2>&1 | awk -F ':' '/configure arguments/{print }'
Como foi mencionado nos comentários da pergunta, a saída de -V vai para o fluxo de erros, então tivemos que fazer com que ela fosse para o fluxo stdout (que é o que 2>&1 faz)