Eu notei que quando eu tinha apenas 2 partições, uma para Windows e outra para Linux, e tinha todos os meus filmes / música / etc. na partição do Windows, o Disco de Verificação do Windows tornaria esses arquivos não executáveis no Linux.
Minha solução foi fazer TRÊS partições, a primeira para o Windows, aquela no meio como uma unidade NTFS compartilhada que tanto o Windows quanto o Linux podem acessar, e a última partição na unidade em que coloquei o Linux.
Ter todas essas partições significa que, quando você inicializa o Windows e verifica o disco em busca de erros, o Windows verifica apenas sua própria partição, deixando o restante em paz. Com todos os filmes / etc. em outra partição, eles são deixados sozinhos.
Espero que isso ajude!