Corrigido pela instalação do nemo:
abra o terminal e faça isso
Primeiro remova o nautilus com
sudo apt-get remove --purge nautilus
faça o download do nemo
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/nemo
sudo apt-get update
sudo apt-get install nemo nemo-fileroller
então suas pastas podem desaparecer etc na área de trabalho. Eles devem retornar depois de algum tempo. Se não, por favor, reinicie o pc.
Esta é a minha solução. Você não precisa deletar o nautilus, mas você tem que continuar abrindo o nemo e fazer tudo de lá. BTW se você procurar nemo ele irá mostrar-lhe um aplicativo chamado arquivos. Não fique confuso sobre isso, ainda é nemo.