Mudar o Linux para inicializar no modo EFI é relativamente fácil; você só precisa instalar o o carregador de inicialização do modo EFI de sua escolha, embora isso exija que você crie uma EFI System Partition (ESP), e algumas EFIs também exigem que você converta o disco de MBR para GPT.
Mudar o Windows para inicializar no modo EFI é mais difícil. As mesmas etapas são necessárias, mas o Windows dificulta um pouco a execução dessas etapas. Se você estiver interessado, recomendo que leia esta página, que descreve o processo em detalhes.
No geral, eu diria que não vale a pena o incômodo, a menos que você tenha algum motivo convincente, como se você estivesse substituindo um disco sub-2TiB por um maior que 2TiB (e que, portanto, requer GPT e, portanto, uma inicialização no modo EFI do Windows).